Francesco Spampinato a fait ses études de musicologie à l’Université de Bologne, où il a obtenu sa Maîtrise en 2001. Il a ensuite obtenu le Master de "Musicothérapie et Arthérapie" à l'Université de Rome 2 et le Doctorat de recherche en Musicologie à l’Université d’Aix-en-Provence (2006). En 2017, il a obtenu l’HDR à l'Université de Strasbourg. De 2002 à 2010, il a enseigné la sémiotique musicale et la psychologie de la musique à l’Université d’Aix-en-Provence. Il a également enseigné l'histoire de la musique et la psychologie de la musique dans plusieurs Conservatoires Supérieurs italiens.
De 2007 à 2011, il est chercheur associé de l'Institut d'Esthétique, d'Arts et Technologie (IDEAT), UMR 8153 CNRS/Sorbonne (dirigé par Costin Miereanu). De 2012 à 2016, il collabore avec le Geneva Emotion Music Lab (GEM), Haute Ecole de Musique et Université de Genève. Depuis 2016, il est membre du Labex GREAM (Université de Strasbourg), et chercheur associé à l'EA 3402 - ACCRA (Université de Strasbourg).
Il est intervenu dans des colloques internationaux à Rome, Bologne, Paris, Aix-en-Provence, San Marino, Montréal et Helsinki. Il a travaillé dans le cadre du projet “Sciences du Langage Musical” en tant que membre du comité scientifique et d’organisation des symposiums SLM2 (Saint-Rémy-de-Provence, 2004), SLM3 (Bologne, 2006) et SLM4 (Trente, 2008).