Gilbert Amy est né le 29 août 1936 à Paris. Après avoir obtenu le premier prix du Concours général de Philosophie, il entre au conservatoire de cette ville dans les classes de Simone Plé-Caussade, Henriette Puig-Roget, Darius Milhaud et Olivier Messiaen. Ses premières œuvres datent de 1955. Quelques années plus tard, il fait la connaissance de Pierre Boulez qui lui commande Mouvements, œuvre créée au Domaine musical en 1958. Dès lors ses œuvres seront exécutées dans tous les hauts lieux de la création musicale : Donaueschingen, Darmstadt, Venise, Royan, Berlin, Varsovie, etc. En 1967, il succède à Pierre Boulez à la direction des concerts du Domaine musical jusqu’à la fin des activités de l’ensemble, en 1974. En 1976, Gilbert Amy fonde le Nouvel orchestre philharmonique de Radio-France, dont il sera le premier chef et le directeur artistique jusqu’en 1981.
Parmi ses activités pédagogiques, il enseigne, en 1982, la composition et l’analyse musicale à l’université américaine de Yale. En 1984, il est nommé directeur du Conservatoire National Supérieur de Musique et de Danse de Lyon qu’il dirige jusqu’en 2000. Il y enseigne également la composition.
Gilbert Amy a reçu en 1979 le Grand prix national de la musique, en 1983 le Grand prix de la Sacem, en 1986 le Grand prix musical de la Ville de Paris, en 1987 le Prix du disque de l’Académie Charles-Cros et le Prix de la critique musicale pour la Missa cum jubilo (1988), et en 2004 le Prix Cino del Duca pour l’ensemble de son œuvre.
Dans un catalogue riche en pièces de musique de chambre et pour ensemble, l’orchestre est au centre de sa réflexion, sans cesse approfondie, sur le son et l’espace organisés : D’un espace déployé (1971-1973) et Orchestrahl (1985-1989, révision en 1995) en sont deux magistrales illustrations.
Cependant, la voix et le texte occupent dans son œuvre une place toute particulière, depuis Oeil de fumée, en 1956, jusqu’à son opéra en quatre actes Le premier cercle, d’après le roman d’Alexandre Soljenitsyne, en passant par ...D’un Désastre obscur pour mezzo-soprano et clarinette, composé en 1971 en hommage au compositeur Jean-Pierre Guézec trop tôt disparu, Après D’un désastre obscur pour mezzo-soprano et petit ensemble (1976), Une saison en enfer, d’après Arthur Rimbaud, pour soprano, voix d’enfant, piano, percussions et bande magnétique (1980), ou encore Écrits sur toiles, sur des lettres de Rainer Maria Rilke, pour récitant et petit ensemble (1983). A l’occasion du centenaire de l’écrivain russe, Gilbert Amy réalise une version resserrée de son opéra, Le premier cercle, scènes de la charachka, qui est donnée en 2021, par l’ensemble Court-Circuit placé sous la direction de Julien Leroy, à l’opéra de Massy, dans une mise en scène de Lucas Hemleb. La même année, Préhistoires, mélodrame pour soprano, récitante et petit ensemble sur des textes de Jean Thibaudeau est créé à Lyon par ce même ensemble.