La gouvernance du CREAA se compose de quatre organes aux missions bien définies :
- un Comité exécutif
- un Comité de pilotage
- un Comité d'orientation
- l'assemblée générale des membres.
En outre, le CREAA finance des contrats doctoraux et accueille des stagiaires.
Enfin, le CREAA accueille ou invite parfois des chercheurs et doctorants étrangers pour collaborer sur certains projets durant plusieurs semaines.